ネットＲＰＧ「イノセント・ブルー」のプレイヤー安藤は、現実では平凡な高校生だが、ゲーム内では凄腕の戦士だった。彼はゲーム内でキャラデータを破壊するという「ゼロシキ」というプレイヤーの存在を知る。偶然助けた盗賊のカーナと行動をともにすることになった安藤。彼女はノースというプレイヤーに追われていた。日常とゲームを行き来する日々のなか、カーナを狙って「ゼロシキ」までもが現れ、安藤は圧倒的な強さの前に惨敗する。そこでより強い武器を手に入れようと闘技大会に参加したのだが、またしても「ゼロシキ」の乱入にあってしまう。無差別に殺戮を繰り返す「ゼロシキ」を倒すため、混乱の最中、優勝者に与えられる伝説の剣「イノセント」を手にした安藤は、その力を借りて「ゼロシキ」を退かせた。そんな安藤のもとへカーナを狙っていたノースから彼女を捕縛したと連絡がはいる。囚われのカーナを助けにいくも、そこで明かされたのはカーナが人工知能でプレイヤーが存在しないという事実だった。そして「ゼロシキ」もまた管理コンピューターの生み出した人工知能で、他のプレイヤーを襲っていると聞かされる。ネットゲームの世界を横行する破壊衝動が「ゼロシキ」を生んだのだ。世界中のネットワークに進入し、世界を滅ぼそうとするゼロシキを止めるため、安藤はカーナとともに「神の箱庭」エリアへと向かった。激闘の末「ゼロシキ」を説得するも、そこで彼の本当の目的を聞かされる。不完全な人間を管理しようとしていたのは「イノセン」の管理コンピューターで「ゼロシキ」はそれを倒そうとしていたのだ。安藤たちが「ゼロシキ」を倒したことでマザーが復活し、現実世界を支配しようとする。しかし安藤は人間を管理する神の存在など必要ないと、カーナとともに「イノセント・ブルー」の消滅を願った。世界は救われ、少年は人工知能の少女と決別することで成長を遂げるのだった。

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